Molecular map-making simplified — ABC Chemicals

Программное обеспечение с открытым исходным кодом позволяет анализировать тысячи микроэлементов с помощью 3D-сканирования и массовых исследований.

Огромный массив следовых молекул на нас и вокруг нас теперь может быть отображен в 3D любой лабораторией с масс-спектрометром благодаря исследователям, которые выпустили программное обеспечение с открытым исходным кодом и пошаговые инструкции, а также за свою технику визуализации.

Команда, возглавляемая Питером Доррестейном из Калифорнийского университета в Сан-Диего, США, и Теодором Александровым, в настоящее время работающим в Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельбурге, Германия, в прошлом продемонстрировали свою технику трехмерной молекулярной картографии, картируя химические следы, оставленные человеческим контактом. в различных повседневных условиях.

Molecular map-making simplified - ABC Chemicals

Но их методы были трудоемкими, часто занимали месяцы работы за компьютером. Чтобы упростить и ускорить процесс, теперь команда разработала более оптимизированный протокол с новым, более удобным для пользователя программным обеспечением, которое люди могут использовать без специальных знаний в области вычислительной техники.

Техника работает, сначала делая 3D-сканирование или 2D-фотографию области, которая должна быть нанесена на карту. Затем на поверхности объекта отбирают ватные тампоны для сбора небольших молекул, метаболитов, липидов и пептидов, которые можно идентифицировать с помощью жидкостной хроматографии масс-спектрометрии. Команда разработала удобное программное обеспечение, которое может создавать интерактивные карты химических веществ, комбинируя данные массовых характеристик с координатами из 3D или 2D модели.

«С помощью 3D-картографии мы получаем прямой взгляд на данные, помещая их в контекст 2D или 3D-изображения выбранного объекта», — говорит Доррестейн. «Полезность варьируется от людей, изучающих растворенные органические вещества в океанах… до эпидемиологии, криминалистики и медицины, от глобального масштаба до миллиметра».

«Приветствуются новые и усовершенствованные методы визуализации трехмерного распределения химикатов для медицинских, экологических или криминалистических исследований», — комментирует Стюарт Уокер, судебно-аналитический химик из университета Флиндерс в Австралии. Но он подозревает, что весь процесс может быть слишком дорогостоящим для большинства лабораторий. «Взять более 72 часов на 100 пунктов, включая 16 часов пробоподготовки, 30 часов времени масс-спектрометрии и 20 часов поиска в библиотеке, что ограничит число случаев, когда результаты оправдывают затраты во времени, средствах, персонале и инструмент стоит, — говорит он.

Но Джанет Янссон из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории, США, ожидает, что протокол будет «очень популярен и меняет правила игры» в ее области микробной экологии. «Мы с нетерпением ожидаем применения этого протокола для понимания молекулярных коммуникационных сигналов между микробами в сочетании с человеческим телом и растениями», — говорит она. «Я особенно очарован комбинацией метаболомики и трехмерной молекулярной картографии, которая позволит нам визуализировать конкретные места, где обнаружены метаболиты».

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *