Structures in more than 150 papers may be wrong thanks to NMR coding glitch — ABC Chemicals

Обнаружено, что фрагмент кода, который вычисляет сигналы ядерного магнитного резонанса, ошибается в зависимости от используемой операционной системы.1 Этот сбой может повлиять на структурные задания в более чем 150 статьях, что ставит под сомнение их выводы.

Группа исследователей во главе с Филиппом Уильямсом из Гавайского университета в Маноа обнаружила ошибку, пытаясь раскрыть структуру натурального продукта, который они извлекли из цианобактерий. Каждый из их хиральных оксазолинов — потенциальных лекарственных препаратов для лечения рака или болезни Альцгеймера — имеет восемь диастереомеров, которые трудно различить с помощью спектроскопии ядерного магнитного резонанса (ЯМР).

Исследователи рассчитали химические сдвиги ЯМР из структур теории функционала плотности, чтобы сравнить их с экспериментальными сдвигами. Именно тогда они обнаружили ошибку: скрипт вычисления сдвига дал разные результаты в зависимости от того, в какой операционной системе он работал. В Windows 10 это дало правильный химический сдвиг, тогда как в Linux это дало немного другое — неправильное — значение.

Опубликовано в 2014 году,2 с тех пор кодекс цитировался более 150 раз согласно альтметрическим данным. Хотя не каждое цитирующее исследование, вероятно, использовало код, оно ставит под сомнение структуры, опубликованные по таким темам, как обнаружение натурального продукта, характеристика продукта реакции и выяснение биохимического пути. Авторы, которые использовали код, должны перепроверить свои результаты и выводы, предупреждает команда Hawai’i.

Ошибка является результатом простой проблемы сортировки файлов. В операционных системах без сортировки имен файлов по умолчанию сценарий не может сопоставить файлы, содержащие свободную энергию конформера, с его химическим сдвигом, что приводит к общему неправильному значению.

Хотя в случае Уильямса значения ЯМР не превышали 1 ч / млн, последствия могли быть более серьезными в других случаях. Поскольку скрипт может не соответствовать энергетическим уровням любых двух конформаций, значения могут быть намного дальше друг от друга.

Чтобы предотвратить ошибку, ученые Hawai’i выпустили пересмотренную версию. Они также предупредили создателей кода, которые теперь планируют исправить свою публикацию 2014 года.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *