The Cambridge Structural Database hits one million structures — ABC Chemicals


Кембриджская структурная база данных собирает кристаллические структуры для органических и металлоорганических соединений с 1965 года и только что собрала свою миллионную структуру.

Чтобы отпраздновать эту веху, мы работали с некоторыми сотрудниками в Кембриджском центре кристаллографических данных, который курирует CSD, чтобы показать некоторые из отдельных основных моментов их первого миллиона структур, а также некоторые химические и кристаллографические тенденции, которые Коллекция так много структур показывает.

Каждая структура имеет свой уникальный идентификатор «refcode», состоящий из шести букв, на которые мы ссылаемся ниже. По словам членов команды CCDC CSD, они стараются обеспечить широкое произнесение имен, исключая при этом нецензурные слова на максимально возможном количестве языков. Как вы можете себе представить, у персонала есть несколько своих любимых кодов — вы когда-нибудь делали MUPPET, KITTEN, DONKEY или BATMAN в лаборатории? Мы не хотели спрашивать о BADBOY или BANGED, но были бы заинтересованы в изучении BARBAD05 на месте.

Основные моменты

Источник: © Королевское химическое общество / CCDC 1497422 ODEQIA

Прокатитесь на американских горках через самый крепкий узел в мире, зарегистрировано и сдано на хранение в 2017 году — и опубликовано в вашем любимом ежемесячном химическом журнале.

Для всех вышеуказанных структур атомы углерода серые; кислород = красный; водород = белый; азот = синий; хлор = ярко-зеленый; фтор = гороховый зеленый; сера = желтый; фосфор = оранжевый; рутений = серо-голубой; кобальт = розовый; серебро = ошибаться серебром.

Просмотр записей CSD также позволяет химикам взглянуть на то, как химика и наука изменились за эти годы. Вот некоторые из тенденций, которые показывает фонд структур CSD.

элементы

Неудивительно, что для базы данных органических соединений наиболее распространенными элементами, содержащимися в его молекулах, являются углерод, водород, кислород и азот (поэтому мы проигнорировали их на этих графиках), но химики — не дураки, когда дело доходит до использования остальных периодическая таблица. Поскольку они стали более предприимчивыми, даже крайности таблицы были объединены с углеродом и компанией — от первого гелиевого соединения базы данных (YEMTUH), депонированного в 2013 году, вплоть до синтетических элементов с не менее чем пятью соединениями калифорния. ,

The Cambridge Structural Database hits one million structures - ABC Chemicals

The Cambridge Structural Database hits one million structures - ABC Chemicals

Но какие элементы (кроме C, H, O, N) были наиболее популярны среди химиков за эти годы? Делайте ваши ставки…

Функциональные группы

Так какая же самая популярная функциональная группа? За эти годы произошла борьба за первое место, но сегодня галиды одержали верх. Некоторые известные составные классы также были включены в смесь — если вы еще не были убеждены, что MOF являются молекулами настоящего момента, всплеск их CSD-записей ясно показывает стремительный рост создателей MOF.

Далее лучше, быстрее, сильнее

С тех пор, как CSD начал работать в 1965 году, многое изменилось. Кристаллографические методы улучшились, и мы все время создаем и изучаем более крупные и сложные молекулы. Средний вес формулы и размеры элементарных ячеек продолжают расти, и, в среднем, в наших молекулах больше элементов.

R-фактор (показатель качества, который показывает, насколько хорошо структура соответствует данным) также неуклонно снижается, хотя и выравнивается, что может быть по нескольким причинам: по мере совершенствования методов мы изучаем более сложные образцы, поэтому эффекты отменяют друг друга; и значение 5 считается достаточно хорошим для большинства целей. 

Авторы

Главные участники CSD — кристаллографы, которые ежедневно решают эти структуры. Как и в случае с базой данных Кембриджа, диаграмма рельефа — это действительно единственный способ показать, кто есть кто среди лучших разработчиков кристаллов. Конечно, эти ученые также работают вместе, поэтому некоторые из них поделятся с нами своей репутацией.

Фактически, рост сотрудничества между исследователями в целом также очевиден из записей CSD, с увеличением числа авторов на структуру со временем.

Четные шансы

Еще в 1996 году группа химиков обнаружила странную особенность молекул, перечисленных в различных химических базах данных: структуры с четным числом атомов углерода встречаются чаще, чем структуры с нечетным числом атомов углерода. Несоответствие, кажется, происходит из-за способа, которым мы производим молекулы: у четных соединений есть более простые пути синтеза, и тенденция все еще очевидна даже сегодня. Как странно.

Подтверждения

Один миллион спасибо Натали Джонсон, Клэр Тови, Сету Виггину и Сюзанне Уорд из команды CSDCCD за их работу по извлечению всех этих данных.







Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *